2023 Autorius: Christopher Dowman | [email protected]. Paskutinį kartą keistas: 2023-05-24 14:06
Johnso Hopkinso Bloombergo visuomenės sveikatos mokyklos mokslininkai sukūrė naują programinę įrangą, kuri labai pagerina greitį, kuriuo mokslininkai gali analizuoti RNR sekos nustatymo duomenis. RNR sekos nustatymas naudojamas norint palyginti genų ekspresijos skirtumus, siekiant nustatyti tuos genus, kurie įsijungdavo arba išsijungdavo, kai, pavyzdžiui, yra tam tikra liga. Tačiau sekos nustatymo instrumentai gali sukurti milijardus sekų per dieną, o tai gali užtrukti ir brangiai išanalizuoti. Programinė įranga, žinoma kaip Myrna, naudoja „debesų kompiuteriją“– internetinį kompiuterio išteklių bendrinimo metodą. Greitesnė ir ekonomiška genų ekspresijos analizė gali būti vertinga priemonė norint suprasti genetines ligų priežastis. Išvados paskelbtos dabartiniame žurnalo Genome Biology leidime. Myrna programinę įrangą galima nemokamai atsisiųsti adresu
Debesų kompiuterija sujungia atskirų kompiuterių, naudojančių internetą, apdorojimo galią. Nemažai įmonių, turinčių didelius skaičiavimo centrus, įskaitant „Amazon“ir „Microsoft“, internetu už tam tikrą mokestį nuomoja nenaudojamus kompiuterius.
„Debesų kompiuterija yra ekonomiškai prasminga, nes debesų tiekėjai labai efektyviai valdo ir prižiūri didžiules kompiuterių kolekcijas. Tyrėjai, kurie stengiasi neatsilikti nuo savo sekos nustatymo instrumentų, gali naudoti debesį, kad padidintų savo analizę ir išvengtų galvos skausmo, susijusio su savo kompiuterių centro kūrimu ir valdymu“, – sakė pagrindinis autorius Benas Langmeadas, Bloomberg mokyklos katedros bendradarbis. Biostatistika. "Su Myrna mes stengėmės, kad mokslininkai, atliekantys RNR seką, galėtų pasinaudoti šia nauda."
Myrna, Langmead ir kolegos Kasper Hansen, PhD, doktorantūros stažuotojas, ir Jeffrey T. Leek, PhD, vyresnysis tyrimo autorius ir Biostatistikos katedros docentas, naudojo programinę įrangą, kad apdorotų didelę viešai prieinamų RNR kolekciją. sekos duomenų. Apdorojimo laikas ir saugojimo vieta buvo išsinuomoti iš „Amazon Web Services“. Remiantis tyrimu, Myrna apskaičiavo skirtingą išraišką iš 1,1 milijardo RNR sekos nuskaitymo per mažiau nei 2 valandas ir kainavo apie 66 USD.
„Daugelio eksperimentų – nuo smegenų vaizdų iki genominių sekų – biologiniai duomenys dabar gali būti generuojami taip greitai, kad statistinei analizei atlikti dažnai prireikia daugelio kompiuterių, dirbančių vienu metu“, – sakė Leeksas. „Debesų kompiuterijos metodas, kurį sukūrėme Myrna, yra vienas iš būdų, kaip statistikai gali greitai sukurti skirtingus modelius, kad surastų atitinkamus duomenų sekos modelius ir susietų juos su skirtingomis ligomis. Nors Myrna skirta analizuoti naujos kartos sekos skaitymus, idėja sujungti debesų kompiuteriją su statistiniu modeliavimu taip pat gali būti naudinga kitiems eksperimentams, generuojantiems didžiulius duomenų kiekius.
Mokslininkus rėmė „Amazon Web Services“, Nacionalinių sveikatos institutų ir Johnso Hopkinso Bloombergo visuomenės sveikatos mokyklos dotacijos.